2019年5月1日起，深圳航空计划在深航实际承运的国内航班上，推行自动选座值机服务。此项服务将以从深圳始发的国内航班为试点，逐步面向所有国内航班推广。

自动选座值机是指旅客成功购票后，即可通过深航官网、深圳航空APP、深圳航空微信公众号等官方渠道进行选座值机。在成功办理座位预选后，深航将于航班起飞前自动为旅客办理网上值机手续。为选到心仪座位，建议出行旅客购票后提前选座。

针对航班计划起飞前4小时未主动选座的旅客，深航将自动为旅客预选座位，并办理网上值机手续。旅客可通过上述深航官方电子渠道获取电子登机牌，并凭电子登机牌直接通过安检，进行登机。未开通电子登机牌的机场仍需到人工柜台打印纸质登机牌。

支持电子登机牌的国内机场：深圳、广州、北京首都、上海虹桥、成都、杭州、无锡、昆明、福州、南京、南宁、长沙、厦门、晋江、西安、合肥、贵阳、青岛、三亚、兰州、太原、温州、宁波、扬泰、临沂、万州、宜春、丽江、乌鲁木齐、克拉玛依、池州、南通、大连、海口、长春、南昌、济南、沈阳、哈尔滨、郑州、石家庄、武汉、桂林。